Дебют хабаровчан в Кубке России состоялся 13 июня 1992 года. В тот день она встречалась с командой «Сахалин» (Южно-Сахалинск). Матч, состоявшийся на стадионе «Космос», завершился победой хозяев поля – 1:0. В 1993 году СКА отказался от участия в Кубке, а в 1994 году ему вновь пришлось играть на Сахалине. На этот раз – в Холмске. И вновь победу праздновали хозяева – 4:2. Первая победа хабаровчан в кубковом турнире датирована 2 мая 1996 года, когда им была присуждена техническая победа в виду неявки на матч «Динамо» из Якутска, которое к тому времени было расформировано.

Всего же в Кубке России «СКА-Энергия» провел 30 матчей: 12 побед, 3 ничьи, 15 поражений (разница забитых и пропущенных мячей 42-39). Наивысшее достижение – выход в 1/8 финала в 2009 году. Самая крупная победы: 6:2 («Газовик-Газпром», 2002) и 4:0 («Звезда», 2008). Самое крупное поражение: 0:4 («Шинник», 2004).

На своем поле «СКА-Энергия» провел 13 матчей: 7 побед, 2 ничьи, 4 поражения (разница забитых и пропущенных мячей 22-13). На выезде – 17 матчей: 5 побед, 1 ничья, 11 поражений (разница забитых и пропущенных мячей 20-26).